目前，僅僅對于標準化規(guī)模養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖環(huán)節(jié)病死豬每頭80元的無害化處理費用補助，其他環(huán)節(jié)產(chǎn)生的病死動物沒有無害化專項處理經(jīng)費。隨著國內(nèi)的物價上漲，飼養(yǎng)成本也隨之上漲，相對較低的病死補償標準與相對較高的養(yǎng)殖成本相差甚遠。如，奶牛的補償標準為每頭3000元，但市場的每頭奶牛的價位基本上在3萬以上，僅為市場價位的10%，豬補償標準是80元/頭，僅為活豬市場價格的3%~5%。這些措施導致部分養(yǎng)殖場（戶）存在消極心理，不愿意根據(jù)有關(guān)規(guī)定上報、處理病死畜禽，從而影響了動物無害化處理工作的正常開展。 很多縣鄉(xiāng)沒有無害化處理場，病死動物只能就近在荒灘地進行深埋處理。

1、隨著城鎮(zhèn)化程度的提高、新農(nóng)村建設(shè)步伐加快、家庭農(nóng)場、土地流轉(zhuǎn)等政策的實施，鄉(xiāng)鎮(zhèn)已很難選擇一塊符合要求掩埋動物尸體荒灘地，加之無害化處理工作缺乏專門的機構(gòu)、人員、場所、設(shè)施、運輸工具，一定程度上影響了無害化處理工作。 

2.病死動物無害化處理經(jīng)費欠缺。政府沒有明確解決病死畜禽無害化處理相關(guān)費用補貼政策，一些強制免疫（如口蹄疫、禽流感等）動物疫病實施免疫后，造成畜禽出現(xiàn)免疫反應甚至死亡，按規(guī)定應對養(yǎng)殖戶進行補償，但由于地方財政困難，部分地方兌現(xiàn)補償政策不完善，造成養(yǎng)殖戶抵觸情緒，將死亡畜禽拋尸野外。 

3.病死動物處理不規(guī)范。各地的實際養(yǎng)殖病死動物處理現(xiàn)狀是除了極少數(shù)規(guī)模養(yǎng)殖場具有無害化處理設(shè)施外，絕大多數(shù)養(yǎng)殖戶沒有處理設(shè)備和能力，通常是將病死動物掘地掩埋或直接丟棄，即使職能部門處理一般也是焚燒深埋處理。該類的處理方式如處理不當很容易導致疫情擴散，還可能污染土壤、水源，焚燒所使用柴油污染空氣。一些無傳染性疾病動物肉尸經(jīng)處理后還有利用價值，比如制作肉粉、工業(yè)用油等，直接處理掉浪費資源。